申请人必须是企业法人，社会团体、民间组织、政府和行政机构等不可作为绿色食品的申请人。同时，还要求申请人具备以下条件：具备绿色食品生产的环境条件和技术条件；生产具备一定规模，具有较完善的质量管理体系和较强的抗风险能力；加工企业须生产经营一年以上方可受理申请。有下列情况之一者，不能作为申请人：与中心和省绿办有经济或其他利益关系的；可能引致消费者对产品来源产生误解或不信任的，如批发市场、粮库等；纯属商业性的企业（如百货大楼、超市等）。

申请认证产品条件：按国家商标类别划分的第5、29、30、31、32、33类中的大多数产品均可申请认证；以“食”或“健”字登记的新开发产品可以申请认证；经卫生部公告既是药品也是食品的产品可以申请认证；暂不受理油炸方便面、叶菜类酱菜（盐渍品）、火腿肠及作用机理不甚清楚的产品（如减肥茶）的申请；绿色食品拒绝转基因技术。由转基因原料生产（饲养）加工的任何产品均不受理。