区发展和改革委员会设7个内设机构：
（一）办公室（区国防动员委员会国民经济动员办公室）
协助委领导处理机关日常政务工作；负责文电运转、会议组织、档案管理、保密机要、政务信息、工作督办和重要文稿起草；承担对外宣传和新闻发布工作；组织实施机关电子政务；组织办理区人大建议、区政协提案；负责委机关行政后勤和固定资产管理；负责委机关行政、事业、基建等经费的管理和审计；负责委机关及委属单位的人事管理、机构编制、队伍建设和教育培训等工作；负责机关和直属单位的出国（境）人员政审工作。组织实施国民经济动员有关工作;组织拟订国民经济动员发展规划、计划；衔接国防动员和政府应急管理有关事项；协调国民经济动员与经济建设、国防建设的重大问题；协调国民经济平战转换能力建设，根据授权参与国防军工能力建设项目投资计划的拟订和项目审核。
（二）综合规划科(社会事业科、农业经济科、沿海办公室)
提出国民经济和社会发展战略、生产力布局的建议；提出国民经济和社会发展中长期发展、总量平衡、结构调整的目标及政策建议；组织拟订国民经济和社会发展总体规划、区级主体功能区规划、区域规划，并对规划实施情况进行监测与评估；统筹协调经济社会发展重点领域的专项规划，衔接平衡各行业、专项等规划；提出推进城镇化的发展战略和重大政策措施。负责研究分析国家和省出台的经济社会发展政策，提出我区贯彻落实建议；组织研究经济社会发展和改革开放等方面的重大政策问题。
组织研究并提出年度国民经济和社会发展计划，包括年度总量平衡、结构调整的目标，以及运用各种经济手段和政策的建议；研究分析国内外经济形势，负责全区经济形势的预测、预警和分析工作，并提出相关政策建议；针对经济和社会发展中的重大问题，组织研究和提出全区经济安全的政策建议；负责全区国民经济和社会发展年度目标的跟踪、管理和考核；承担全区条线经济发展考核工作。牵头组织开展全区科学发展评价考核工作。
监测、分析农业和农村经济发展情况，编制并组织实施农业和农村经济发展战略、规划；综合协调农村经济社会发展重大问题，研究提出推进城乡一体化、农业现代化相关政策建议。审定农业、林业、水利、气象等专项发展规划、年度投资计划；负责审批、核准、备案和审核转报农业、林业、水利气象等方面的建设项目；组织编报和实施农业重大项目，会同有关部门做好农业生产资料的引导和调控工作。
组织拟订全区社会发展战略、规划和计划，负责社会发展与国民经济发展的政策衔接；综合协调社会事业各领域发展中的重大问题和政策；负责核准、审核、备案或转报社会发展领域的非政府投资类建设项目；负责编报、安排社会发展专项资金；组织全区社会发展总体水平的评估，研究提出促进社会全面发展的政策建议。研究提出促进就业、调整收入分配、完善社会保障与经济协调发展的政策建议；研究和协调改善民生、推进基本公共服务均等化的有关工作。
分析全社会资金运行动态，提出动员全社会资金的政策措施并组织有关部门实施，研究拟订重大项目投融资方案；统筹协调全区资本市场发展，研究提出全区直接融资发展战略和政策建议；综合分析财政、金融政策执行情况，研究提出相关政策建议；参与研究财政、金融以及投融资体制改革问题，参与指导政府投融资主体的建设和运行工作；牵头推进全区股权（产业）投资基金和创业投资的发展及制度建设，负责全区创业投资企业备案的初审转报工作；指导、监督股权（产业）投资基金的有关工作；负责证券、期货市场的培育和监管工作；负责推动非上区企业发行企业（公司）债券，监督企业（公司）债券融资活动；参与股票发行上区审核工作，监督上区资金运用，引导资金投向。
承担拟订沿海发展的战略、规划、重大政策及评估责任；研究制订沿海发展年度工作计划并组织实施，组织实施沿海重点项目建设和重大活动开展，协调沿海发展中重大问题；负责向上争取沿海开发重大项目布点和政策、资金扶持；负责实施沿海战略资源管理，促进沿海科学、有序和可持续开发；承担区沿海发展规划建设委员会办公室日常工作。承担沪盐两地合作交流工作，负责制订全区接轨上海的实施方案、政策措施和年度计划并组织实施；组织对沪重大经贸洽谈和交流活动，负责上海产业转移和园区共建工作；承担区接轨上海领导小组办公室日常工作；组织和协调我区参与长江三角洲地区合作与发展工作。
（三）改革科
指导推进和综合协调全区经济体制改革，组织拟订和参与实施综合性经济体制改革方案和有关专项经济体制改革方案，统筹有关专项改革方案与总体改革方案的衔接；研究并协调解决经济体制改革的重大问题，协调指导重点改革工作；负责有关专项改革的情况综合和信息工作；承担企业改革工作和建立现代企业制度，完善企业法人治理结构;指导协调全区企业的合并、分立、解散、清算和关闭破产，组织实施企业战略性重组；研究推进完善市场体系的重大改革措施，组织制订要素市场建设的总体规划；组织指导经济体制改革试点和改革试验区工作；负责指导行业协会发展。
研究社会事业领域改革中的有关重大问题，提出对策建议；协调各项社会事业发展和改革中有关重大问题；参与社会事业领域改革和事业单位改革工作。研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议；承担区深化医药卫生体制改革领导小组办公室的具体工作。
（四）投资科（政策法规科）
监测分析全区固定资产投资运行情况，拟订固定资产投资调控目标、投资计划和政策措施；研究提出投资体制改革建议；负责规划重大建设项目布局和重点建设项目投资管理；统筹协调区政府各类投资资金的使用，提出资金年度规模和投向并纳入投资计划管理，安排区级财政性建设资金；会同有关部门拟订城建环保、房地产开发、保障性住房发展规划等重大政策；牵头会同有关部门编制下达交通、水利、环保、保障性住房等各类专项固定资产投资计划，统筹计划协调平衡；编制、申报和下达中央、省、市财政性投资计划；负责审批区级财政性建设资金投资项目的项目建议书、可行性研究报告、初步设计和概算；负责审批、核准、备案、审核转报政权建设类和城建环保、房地产类建设项目以及相应的中央、省、市补助资金的安排；负责区级政府投资项目代建制工作；牵头拟订重大基础产业专项规划，研究提出基础产业发展战略和重大布局；牵头组织编制全区综合交通运输和邮政发展规划、年度计划及重点项目计划；负责审批和审核转报政府投资的基础产业项目建议书、可行性研究报告和初步设计，核准和审核转报企业投资的基础产业项目；组织开展对重大建设项目的稽察；负责政府出资或融资项目的竣工验收；负责对政府出资或融资重大建设项目进行后评价；依法对违法违规行为作出处理。指导全区工程咨询业发展；负责咨询评估、招标代理等中介机构资格认证管理工作。
订招投标综合政策和文件；对重大建设项目招投标活动进行稽察；负责区区依法必须招标建设项目备案工作，监督检查各行政主管部门招投标行政执法工作；负责区重大建设项目招标活动投诉查处；对全区招投标市场的运行状况进行分析研究，针对存在问题提出有效措施加以规范；承担区招投标管理委员会办公室日常工作。
（五）工业科（外经科、高新技术产业科、经济合作科）
综合分析、协调工业发展重大问题，研究提出全区工业经济的发展战略；组织实施综合性产业政策，研究提出政策建议；统筹工业发展规划与有关规划、计划的衔接平衡；协调解决重大技术装备推广应用等方面的重大问题；规划战略产业、支柱产业及重大生产力布局，组织重大特色产业基地建设；根据授权和分工，负责审批、核准、备案或者审核转报工业固定资产投资项目；参与审核境外工业投资项目；负责拟订全区年度工业主要产品产量计划；研究和制定稀土产业发展战略、规划及有关政策；牵头负责工业方面中央预算内专项资金项目的组织、审核申报和监督管理工作。负责石油、天然气行业管理；配合国家、省拟订和实施石油储备、油气管网建设规划；拟订石油（成品油）、天然气、炼油（含生物制油）、煤制燃料、燃料乙醇和电动汽车的发展规划、计划及政策，并组织实施。承担全区汽车零部件产业规划、协调和推进工作，负责区汽车零部件产业发展基金安排。
研究拟订全区利用外资和境外投资战略、规划，提出利用外资总量平衡和结构优化目标及政策；按照权限核准、审批或审核转报外商投资项目、借用国际金融组织及外国政府贷款等国外贷款项目和境外投资项目，负责进口设备免税的初审转报；负责全口径外债的总量控制、结构优化和监测，指导、监督国外贷款建设资金的使用。监测分析国内外市场状况，承担重要商品的总量平衡和宏观调控工作；按分工编制全区有关重要商品、原材料进出口总量计划并监督执行，组织实施粮食、棉花进出口计划；会同有关部门提出全区开发区的发展战略和总体规划，参与开发区设立审核和政策协调工作。
综合分析经济社会与资源、环境协调发展的重大战略问题，负责全区资源节约和环境保护综合协调工作；组织拟订发展循环经济、全社会资源节约和综合利用规划及政策措施并组织实施，参与编制环境保护规划；综合协调环境保护和清洁生产促进有关工作；组织协调实施发展循环经济示范工程和新产品、新技术、新设备的推广应用；负责审批、核准、备案审核转报资源节约、综合利用和环境保护、循环经济等建设项目；负责资源节约和环境保护方面中央预算内投资补助及有关专项资金项目的组织、审核、申报与监督管理工作，组织开展资源节约和环境保护的宣传及合作交流；统筹协调全区节约型社会建设工作；承担全区应对气候变化工作，组织拟订我区应对气候变化的战略、规划和重大政策。
组织拟订全区高新技术产业发展、产业技术进步的战略、规划和政策；研究提出高新技术产业发展的重点领域；统筹科技及信息化规划的衔接平衡；组织实施重大高新技术产业化和关键技术、成套设备研制开发和产业化示范工程以及科技成果转化与产业化项目；负责工程中心、工程实验室和高新技术产业基地建设与管理工作，协同推进国家和省级企业技术中心的认定、建设工作；负责审批、核准、备案或者审核转报高新技术产业项目和自主创新项目；管理归口的高新技术产业发展资金；做好信息化相关工作，负责科技成果创新和产业化工作，推动全区战略性新兴产业的形成和发展。承担区战略性新兴产业领导小组办公室的具体工作。
组织拟订区域发展、镇域经济发展、地理空间信息系统建设的战略、规划和政策，提出区域重大生产力布局建议，研究、协调区域发展的重大问题；推动实施可持续发展战略，推进流域治理，拟订和协调国土整治、开发、利用、保护的政策，参与制定土地政策；参与编制生态建设、环境整治、地质勘探、水资源平衡规划、计划，会同有关部门制定基础测绘、年度取水等计划；负责以工代赈工作。
研究提出开展地区间经济技术合作和对口支援工作的思路和建议，牵头组织地区间的经济技术合作和交流工作；负责我区参与东中西部地区合作的组织、协调工作，承担与对口支援地区的经济合作与交流工作；负责区际间经济合作、区级异地商会管理工作，负责办理我区在外区设立办事机构审核、备案手续等有关工作。牵头组织省支持苏北发展政策的落实工作；承担南北挂钩合作工作，牵头组织南北挂钩产业转移、项目合作、园区共建等工作；承担我区对口支援四川绵竹西南镇恢复重建工作领导小组办公室的具体工作。
研究提出我区能源发展规划、年度计划和政策措施；组织实施能源行业标准，监测能源发展状况，衔接能源生产建设和供需平衡；按照规定权限，审批、核准、审核能源固定资产投资项目并负责全过程监督管理；负责全区能源业统计、预测预警及信息发布工作，参与煤电油气运行调节和应急保障工作；拟订火电（含热电联产）、天然气发电、煤炭清洁利用发电以及电网发展的规划、年度投资计划和政策并组织实施。研究拟订新能源和可再生能源的发展规划、计划及政策并组织实施，指导协调新能源、可再生能源和农村能源的发展；推进能源行业节能和资源综合利用，组织能源重大设备研发；负责能源合作，协调对外能源开发利用工作；承担电力体制改革有关工作；负责全区光伏资源的管理工作。
（六）经济贸易科
研究拟订全区服务业发展战略和规划，指导和综合协调全区服务业发展，统筹服务业各主要行业发展规划的衔接平衡；会同有关部门研究制定全区服务业发展政策，综合协调服务业发展中的重大问题；拟定并组织实施服务业集聚区和重点项目建设规划，促进生产性服务业比重的提高；负责有关服务业投资项目的审核、备案和审核转报，拟订区级服务业发展专项资金使用计划，落实扶持服务业发展的政策措施；指导和组织服务业人才培训，推进服务业品牌和标准化建设，指导服务业各行业协会发展；协调流通体制改革中的重大问题，牵头拟订现代物流业发展战略和规划，核准、审批或审核转报流通发展重大建设项目；承担区服务业发展领导小组办公室的具体工作。
（七）粮食科
组织贯彻实施国家粮食流通的法律、法规，监督检查粮食政策及法律法规的执行情况。具体负责粮食业务工作，组织指导粮食收购工作，监督控制粮食安全，负责粮食收支统计工作。落实区级储备粮收购和销售，监督检查储备粮的库存量和安全。协调上级储存粮收购、储存、调运工作。负责粮食相关补贴的拔付、清算和使用监督，监督粮食收购资金的使用。会同有关部门管理区级粮食、食用植物油等重要商品的区级储备。负责粮食企业的财务管理及审计，指导粮食企业财务管理工作。